Sivil Savunma Genel Müdürlüğü ile birlikte Türkiye Acil Durum Yönetimi Genel Müdürlüğü ve Afet İşleri Genel Müdürlüğünü de kapatan 5902 sayılı Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun 17.06.2009 tarih ve 27261 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürülüğe girmiştir.
Bu Kanunla; afet ve acil durumlar ile sivil savunmaya ilişkin hizmetleri yürütmek üzere, Başbakanlığa bağlı Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı oluşturulmuştur.
Afet ve acil durumlar ile sivil savunmaya ilişkin hizmetlerin ülke düzeyinde etkin bir şekilde gerçekleştirilmesi için gerekli önlemlerin alınması ve olayların meydana gelmesinden önce hazırlık ve zarar azaltma, olay sırasında yapılacak müdahale ve olay sonrasında gerçekleştirilecek iyileştirme çalışmalarını yürüten kurum ve kuruluşlar arasında koordinasyonun sağlanması ve bu konularda politikaların üretilmesi ve uygulanması amaçlanmıştır.
Afet ve Acil Durum Yüksek Kurulu, Afet ve Acil Durum Koordinasyon Kurulu, Deprem Danışma Kurulu oluşturulmuştur. Başkanlık Teşkilatı aşağıdaki Birimlerden meydana gelmektedir:
a) Planlama ve Zarar Azaltma Dairesi Başkanlığı.
b) Müdahale Dairesi Başkanlığı.
c) İyileştirme Dairesi Başkanlığı.
ç) Sivil Savunma Dairesi Başkanlığı.
d) Deprem Dairesi Başkanlığı.
e) Yönetim Hizmetleri Dairesi Başkanlığı
Bu kanunla; Sivil Savunma Koleji, Afet ve Acil Durum Eğitim Merkezine dönüştürülmüş, İl Sivil Savunma Müdürlükleri yerine İl Özel İdaresi bünyesinde Valiye bağlı İl Afet ve Acil Durum Müdürlükleri kurulmuştur. Sivil Savunma Arama ve Kurtarma Birlik Müdürlükleri ise teşkilatı ve personeli ile birlikte bulundukları il özel idaresine devredilmişlerdir. Ayrıca kamu kurum ve kuruluşlarında bulunan "Savunma Sekreterliği" ve "Savunma Uzmanlığı" birimleri kaldırılmıştır.